Так же как и другие органы надзора, санэпидслужба вправе принять решение о приостановлении, ограничении, прекращении деятельности объекта, о наложении административного штрафа, передаче материалов дела органам следствия, предъявлении в суде или арбитражном суде иска о возмещении ущерба.
В своей деятельности санэпидслужба сотрудничает с представительными и исполнительными органами власти, а также специально уполномоченными органами в области охраны окружающей природной среды — городскими комитетами по охране окружающей среды Минприроды, архитектурно-строительными отделами Госстроя РФ, постами и пунктами наблюдения Роскомгидромета, государственной автомобильной инспекцией.